結合酶包括兩部分：蛋白質部分，稱酶蛋白，決定反應的特異性；非蛋白質部分（通常稱爲輔助因子），多爲小分子有機化合物或金屬離子，決定反應的種類與性質。
酶通常是指由活細胞合成的對其特異底物起高效催化作用的蛋白質，是機體內催化各種代謝反應最主要的催化劑，但現在已發現存在覈酶，其本質爲RNA而非蛋白質，主要參與RNA的剪接。
結合酶分子中則除了多肽鏈組成的蛋白質，還有非蛋白成分，如金屬離子、鐵卟啉或含B族維生素的小分子有機物。結合酶的蛋白質部分稱爲酶蛋白，非蛋白質部分統稱爲輔助因，兩者一起組成全酶，只有全酶纔有催化活性，如果兩者分開則酶活力消失。非蛋白質部分如鐵卟啉或含B族維生素的化合物若與酶蛋白以共價鍵相連的稱爲輔基，用透析或超濾等方法不能使它們與酶蛋白分開；反之兩者以非共價鍵相連的稱爲輔酶，可用上述方法把兩者分開。
