1、徵稅對象不同
房產稅是以房屋爲徵稅對象，按房屋的計稅餘值或租金收入爲計稅依據，向產權所有人徵收的一種財產稅。契稅是土地、房屋權屬轉移時向其承受者徵收的一種稅收。
2、發佈時間不同
現行的房產稅是第二步利改稅以後開徵的，1986年9月15日，國務院正式發佈了《中華人民共和國房產稅暫行條例》，從當年10月1日開始實施。契稅，現行的《中華人民共和國契稅暫行條例》於1997年10月1日起施行。在中國境內取得土地、房屋權屬的臺商投資企業，應當依法繳納契稅。
3、徵收範圍不同
房產稅徵收範圍限於城鎮的經營性房屋；契稅是以所有權發生轉移變動的不動產爲徵稅對象，向產權承受人徵收的一種財產稅。應繳稅範圍包括：土地使用權出售、贈與和交換，房屋買賣，房屋贈與，房屋交換等。
4、稅收形式不同
房產稅區別房屋的經營使用方式規定徵稅辦法，對於只用的按房產計稅餘值徵收，對於出租、出典的房屋按租金收入徵稅。契稅，是指對契約徵收的稅，屬於財產轉移稅，由財產承受人繳納。契稅中所涉及的契約，包括土地使用權轉移，如國有土地使用權出讓或轉讓，房屋所有權轉移，應該稱爲土地、房屋權屬轉移，如房屋買賣、贈送、交換等。
